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Stage M2 Maternal tobacco smoking and psychosocial stress in pregnancy and child respiratory health
Publiée le 10/09/2025 08:46.
Référence : StageM2 Impulsion Exposome Stress.
Stage, 38700 La Tronche (Grenoble).
Entreprise/Organisme :INSERM
Niveau d'études :Master
Sujet :Interactions between maternal tobacco smoking and psychosocial stress during pregnancy and child respiratory health: data analysis of the ELFE cohort study
Date de début :01/01/2026
Durée du contrat :6 months
Secteur d'activité :Recherche
Description :Background Prenatal exposure to maternal smoking is a major determinant of child respiratory health. Increasing evidence indicates that maternal psychosocial stress during pregnancy also impacts child respiratory health [1-5]. As these exposures may affect similar biological pathways, they potentially have synergistic effects. However, studies investigating the interaction between maternal smoking and psychosocial stress during pregnancy on child respiratory health are lacking. In a recent (unpublished yet) study conducted in a large project (Exposome Impulsion Project ; https://exposomeinserm.fr), we assessed the effects of the interactions of maternal tobacco smoking and psychosocial stress during pregnancy on the development of child wheezing and asthma in 13,510 mother-child pairs from the ELFE cohort (Etude française longitudinale depuis l’enfance) [6; https://www.elfe-france.fr] by using survival Cox models. Preliminary results support a complex moderating role of cumulative prenatal maternal psychosocial stress in the relationship between maternal smoking and child respiratory health. Aims of the internship To further explore these associations, we propose to investigate biological markers - maternal hair cortisol measured at child birth and cord blood cytokines - measured in subsamples of respectively 834 and 1019 ELFE mothers. Maternal cortisol has been shown to be a good proxy for chronic maternal stress [7]. Inflammation, assessed by cord blood inflammatory biomarkers (IL-6, IL-8, IL-1b…), is suspected to be an underlying mechanism of the association between maternal psychosocial stress and smoking and child respiratory health [1]. The aims of this internship are to: 1/ Estimate the associations between the psychosocial stress indicators we developed based on the questionnaire data and levels of maternal hair cortisol 2/ Study the effect of the interaction between maternal hair cortisol and tobacco smoking during pregnancy on child respiratory health using Cox regression models 3/ Estimate the associations of maternal psychosocial stress and maternal tobacco smoking with cord blood cytokines levels. All data are already available. The results will be interpreted jointly with results from experimental models (animal studies) that are performed in parallel. References [1] Al‐Hussainy, A., & Mohammed, R. (2021). Consequences of maternal psychological stress during pregnancy for the risk of asthma in the offspring. Scandinavian Journal of Immunology, 93(1), e12919. [2] Adgent, M. A., Buth, E., Noroña-Zhou, A., Szpiro, A. A., Loftus, C. T., Moore, P. E., ... & Carroll, K. N. (2024). Maternal stressful life events during pregnancy and childhood asthma and wheeze. Annals of Allergy, Asthma & Immunology, 132(5), 594-601. [3] Brew, B. K., Gong, T., Ohlin, E., Hedman, A. M., Larsson, H., Curman, P., ... & Almqvist, C. (2024). Maternal mental health disorders and offspring asthma and allergic diseases: The role of child mental health. Pediatric Allergy and Immunology, 35(2), e14085. [4] Magnus, M. C., Wright, R. J., Røysamb, E., Parr, C. L., Karlstad, Ø., Page, C. M., ... & Nystad, W. (2018). Association of maternal psychosocial stress with increased risk of asthma development in offspring. American journal of epidemiology, 187(6), 1199-1209. [5] Ramsey, N. B., Chiu, Y. H. M., Hsu, H. H. L., Bosquet Enlow, M., Coull, B. A., Wright, R. J., & Carroll, K. N. (2024). Cumulative maternal lifetime stress & child asthma: effect modification by BMI. Stress, 27(1), 2435262. [6] Charles, M. A., Thierry, X., Lanoe, J. L., Bois, C., Dufourg, M. N., Popa, R., ... & Geay, B. (2020). Cohort profile: the French national cohort of children (ELFE): birth to 5 years. International journal of epidemiology, 49(2), 368-369j. [7] Kim, M. Y., Kim, G. U., & Son, H. K. (2020). Hair cortisol concentrations as a biological marker of maternal prenatal stress: a systematic review. International Journal of Environmental Research and Public Health, 17(11), 4002.
En savoir plus :https://exposomeinserm.fr/
Impulsion_Exposome_Internship2026_01092025_vf.pdf
Contact :aurelie.nakamura@univ-grenoble-alpes.fr
Postdoctoral research position: AI and clinical prediction in respiratory infections
Publiée le 09/09/2025 13:32.
Référence : AI and clinical prediction in respiratory infections.
Postdoc, Lyon.
Entreprise/Organisme :CERP and Laboratoire Commun de Recherche / bioMérieux, Hospices Civils de Lyon
Niveau d'études :Doctorat
Durée du contrat :18 mois
Description :POSITION OVERVIEW We invite applications for a post-doctoral research position in the AIRISE project, focusing on the development of real-time prediction algorithms for clinical worsening in patients with lower respiratory tract infections. This is an exciting opportunity to apply cutting-edge machine learning methods to a major public health challenge, with direct implications for patient for patient care in hospitals. The successful candidate will join a dynamic interdisciplinary team of clinicians, epidemiologists, and data scientists, contributing to the design and implementation of AI-based solutions that can improve early detection of patient deterioration and guide clinical decision-making. PROJECT CONTEXT AIRISE is a collaborative project involving: • Lyon University Hospital (Hospices Civils de Lyon (HCL)) • bioMérieux, • Center of Excellence in Respiratory Pathogens (CERP, https://cerp-epi.com)) as part of the Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI) Using the HCL Data Warehouse (EDS), the project investigates acute lower respiratory tract infections - leading cause of hospital admissions worldwide. These infections, caused by bacteria or viruses, can occur in the community or in hospitals and require rapid and appropriate management. Some patients may show signs of deterioration that increase the risk of admission to intensive care, with potentially serious consequences for their prognosis, quality of life, and hospital costs. The role of the postdoctoral researcher is to develop AI models capable of identifying these signs of deterioration as early as possible, leveraging patients’ clinical and biological data, as well as their temporal evolution. The ultimate goal is to build a real-time prediction system to support clinicians in optimizing patient management. KEY RESPONSABILITIES • Manage and ensure the quality of data extracted from HCL EDS. • Perform descriptive statistics, including risk factor analysis and survival models. • Design, develop and test AI algorithms to handle specific data characteristics (sparse and time series) and predict real-time risk of worsening. Build interpretable models providing transparent explanations on risk assessments. • Work as an integral member of a multidisciplinary data science team, collaborating closely on data management, statistical analyses, and AI development. • Work in close collaboration with clinicians to adjust and validate predictive models. • Write scientific papers and technical reports. • Present the findings at national and international congresses. QUALIFICATIONS Required: • Ph.D. in Data Science, Computer Science, Biostatistics, or a related field • Proficiency in machine learning/AI and data analysis • Experience with R and/or Python • Excellent written and oral communication and interpersonal skills • Strong analytical and problem-solving abilities • Curiosity and a proactive attitude toward research and innovation • Fluency in French and English Preferred: • Experience in clinical data analysis or healthcare domain • Familiarity with Electronic Health Records (EHR) systems and data • Proven track record of publishing in peer-reviewed journals • Strong interpersonal skills and the ability to work effectively in a team-oriented, interdisciplinary environment APPLICATION PROCESS Interested candidates should submit the following documents: • CV • Cover letter • Contact details of references Please send your application directly to: • Dr. Cédric Dananché (cedric.dananche@chu-lyon.fr) • Pr. Marta Nunes (marta.nunes@chu-lyon.fr) • Dr. Maxime Bodinier (maxime.bodinier@biomerieux.com) Application deadline: September 30, 2025 Affiliation: Hospices Civils de Lyon (HCL) Start Date: November 1, 2025 AFFILIATION AND WORK ENVIRONMENT The postdoctoral researcher will be affiliated with Hospices Civils de Lyon (HCL) and based at: • Center of Excellence in Respiratory Pathogens (CERP), Université Claude Bernard Lyon 1, Site Laënnec, 69008 Lyon • Laboratoire Commun de Recherche / bioMérieux, Hôpital Edouard Herriot, 69003 Lyon
En savoir plus :https://cerp-epi.com/2025/09/04/biostatistician-2/
Postdoc_AIRISE_EN_CERP.pdf
Contact :maxime.bodinier@biomerieux.com
Stage M2 : Impact des biothérapies sur les trajectoires de fonction respiratoire dans l’asthme sévèr
Publiée le 09/09/2025 11:44.
Référence : ASTHMEHP2.
Stage, Grenoble.
Entreprise/Organisme :Université Grenoble Alpes
Niveau d'études :Master
Sujet :Impact des biothérapies sur les trajectoires de fonction respiratoire dans l’asthme sévère
Date de début :01 01 2026
Durée du contrat :4 à 6 mois
Secteur d'activité :recherche
Description :Contexte : L’asthme sévère ne représente que 3 à 4 % des asthmes de l’adulte, mais on considère qu’il cumule à lui seul plus de 60 % des coûts médicaux liés à l’asthme. Un patient atteint d’asthme sévère a le plus souvent présenté de multiples exacerbations avant qu’un traitement optimal ne soit mis en route. Il existe une relation forte entre le fait de présenter des exacerbations itératives et le fait d’avoir une fonction respiratoire altérée à l’aune du volume expiratoire maximal en 1 seconde (VEMS). Si le socle du traitement de l’asthme reste la corticothérapie inhalée, l’avènement de traitements par biothérapies au litant des années 2010 a révolutionné la prise en charge de l’asthme sévère. Toutefois, les objectifs des études portant sur les biothérapies ont bien davantage mis en avant le contrôle des exacerbations que l’amélioration de la fonction respiratoire. Chez les patients asthmatiques sévères dont la fonction respiratoire est dans la majorité des cas altérée au moment de la mise en route d’une biothérapie, l’amélioration voire la normalisation de la fonction garde toutefois toute sa place, tant pour éviter des symptômes limitant les capacités d’exercice que pour prévenir le remodelage bronchique. La fonction respiratoire des patients asthmatiques sévères reste peu étudiée. En particulier, la façon dont la fonction respiratoire évolue grâce à la prescription des biothérapies est mal connue. Le registre RAMSES regroupe les données de 2000 patients asthmatiques sévères, suivis entre 3 et 7 ans, dont le VEMS moyen au moment de leur inclusion est de 77 ± 22 % de la valeur prédite et dont un peu plus de la moitié des patients a un VEMS anormal (z-score
En savoir plus :https://chaire-esante.fr/
2026 - stage - asthme sévère.pdf
Contact :sbailly@chu-grenoble.fr
Two-year Postdoc position in Statistics and Probability (funded by AMIDEX)
Publiée le 02/09/2025 10:11.
Postdoc, Marseille.
Entreprise/Organisme :Aix-Marseille University, Marseille Institute of Mathematics
Niveau d'études :Doctorat
Date de début :November-December 2025
Durée du contrat :24 months
Rémunération :according to the French scale
Description :Applications are invited for a two-year full time post-doc position starting in September-October 2025 in the A*MIDEX Chaire d'Excellence-funded project “Nonstationary Models of Biological Signals” (NOMOS), Principal Investigator Prof. Anna Dudek. According to the requirements of this funding program, candidates should not be currently employed by the University of Aix-Marseille and should have obtained their last degree outside AMU. Interviews with candidates will be conducted in English. The selection process will proceed on a continuous basis, with applications reviewed and interviews conducted until the position is filled. Project NOMOS Overview Nonstationary signals are at the forefront of modern statistical analysis, as many observed phenomena cannot be adequately modeled by stationary processes. The NOMOS project aims to develop a new generation of nonstationary models and algorithms for analyzing various biological signals. The project will focus mainly on developing innovative models for biomedical signals with irregular cyclicity and exploring potential machine learning applications. Position Objective: The primary focus of this position is to develop concentration inequalities in the nonstationary setting, specifically for periodic Markov chains and periodic time series. Responsibilities also include coding the proposed algorithms in R or Python, such as methods for splitting periodic time series into regeneration blocks, and applying them to real biomedical datasets. The role requires the ability to effectively communicate technical material and build both internal and external collaborations. Additional responsibilities may include assisting in the supervision of student projects, supporting the development of student research skills, providing instruction, or planning and delivering seminars related to the research area.
En savoir plus :https://drive.google.com/file/d/15Aiogtm-YDaHVJB3ZKRURooA7aRQ46_F/view?usp=sharing
post doc offer sept.pdf
Contact :aedudek@agh.edu.pl
Machine Learning pour l’exploration de la sous-dominance dans les génomes polyploïdes
Publiée le 01/09/2025 11:27.
Référence : Thèse en apprentissage statistique à l'université d'Angers..
Thèse, IRHS / LAREMA.
Entreprise/Organisme :Université d'Angers
Niveau d'études :Master
Sujet :cf. fichier joint
Date de début :01/10/2025
Durée du contrat :3 ans
Rémunération :base fonction publique
Secteur d'activité :Recherche publique
Description :cf. fichier joint
En savoir plus :https://rabier.github.io , https://blog.univ-angers.fr/panloup/ , https://irhs.angers-nantes.hub.in
sujetthese2025.pdf
Contact :charles-elie.rabier@univ-angers.fr
PhD Position: Deep Generative Models of Physical Dynamics
Publiée le 11/06/2025 17:44.
Référence : PhD Position Deep Generative Models of Physical Dynamics, Sorbonne Université, Paris,.
Thèse, Paris.
Entreprise/Organisme :Sorbonne Universite, Institut des Systèmes Intelligents et de Robotique (ISIR)
Niveau d'études :Master
Sujet :Abstract: AI4Science is an emerging field investigating the potential of AI to advance scientific discovery, with deep learning playing a central role in modeling complex natural phenomena. Within this context, deep generative modeling—which already enables the synthesis of high-dimensional data across modalities such as text, images, and audio—is now opening new avenues for simulating and understanding complex physical systems. This PhD project aims to explore and advance generative deep learning architectures—such as diffusion models, flow-matching networks, and autoregressive transformers—for modeling complex physical dynamical systems arising in domains such as climate, biology, and fluid mechanics. These models hold strong potential for learning flexible, data-driven representations of physical laws. By developing generalizable, cross-physics generative models, this research contributes to the broader vision of AI4Science: accelerating scientific discovery through learned simulation and abstraction.
Date de début :November or December 2025
Durée du contrat :36 mois
Rémunération :2200 per Month Gross Salary + possible teaching vacations
Secteur d'activité :Computer Science, Artificial Intelligence, Machine Learning
Description :This PhD project aims to explore and advance generative deep learning architectures—such as diffusion models, flow-matching networks, and autoregressive transformers—for modeling complex physical dynamical systems arising in domains such as climate, biology, and fluid mechanics. These models hold strong potential for learning flexible, data-driven representations of physical laws. By developing generalizable, cross-physics generative models, this research contributes to the broader vision of AI4Science: accelerating scientific discovery through learned simulation and abstraction. Research Objectives The overarching research question is: Can we develop generative models that learn structured, physically grounded representations of dynamical systems—enabling synthesis, adaptation, and generalization across physical regimes and multiphysics settings? It unfolds into several complementary directions: Latent Generative Models for Physical Dynamics The objective is to design generative models—such as diffusion, flow-matching, or autoregressive models—that learn compact and interpretable latent representations of spatiotemporal dynamics governed by PDEs. These models should: • Capture uncertainty and multimodality in solution trajectories. • Generalize across parametric variations. Learning Across Multiphysics Systems To enable transfer learning across heterogeneous physics, we will explore shared latent representations across families of PDEs: • Using encode–process–decode frameworks. • Applying contrastive or multitask training to uncover reusable physical abstractions. • Designing models invariant to space/time resolution and units. This direction builds toward foundation-like models that capture generalizable physics priors across simulation families. Few-Shot and In-Context Generalization to New Physics To support scientific modeling in data-scarce settings, we will develop methods for few-shot generalization such as: • Fine-tuning latent priors to new PDE systems using limited examples. • Exploring meta-learning and prompt-based adaptation techniques (inspired by in-context learning in language models). • Incorporating known physical constraints into the generative process. The goal is to enable rapid and physically consistent adaptation to previously unseen dynamics with minimal data and supervision. Position and Working Environment The PhD studentship is a three years position starting in October/November 2025. It does not include teaching obligation, but it is possible to engage if desired. The PhD candidate will work at Sorbonne Université (S.U.), in the center of Paris. He/She will integrate the MLIA team (Machine Learning and Deep Learning for Information Access) at ISIR (Institut des Systèmes Intelligents et de Robotique). References Chen, W., Song, J., Ren, P., Subramanian, S., Morozov, D., & Mahoney, M. W. (2024). Data-Efficient Operator Learning via Unsupervised Pretraining and In-Context Learning. 1–21. http://arxiv.org/abs/2402.15734 Hao, Z., Su, C., Liu, S., Berner, J., Ying, C., Su, H., Anandkumar, A., Song, J., & Zhu, J. (2024). DPOT: Auto-Regressive Denoising Operator Transformer for Large-Scale PDE Pre-Training. Icml. http://arxiv.org/abs/2403.03542 Kassai Koupai, A., Benet, J. M., Yin, Y., Vittaut, J.-N., & Gallinari, P. (2024). GEPS: Boosting Generalization in Parametric PDE Neural Solvers through Adaptive Conditioning. NeurIPS. https://geps-project.github.io/ Kirchmeyer, M., Yin, Y., Donà, J., Baskiotis, N., Rakotomamonjy, A., & Gallinari, P. (2022). Generalizing to New Physical Systems via Context-Informed Dynamics Model. ICML. McCabe, M., Blancard, B. R.-S., Parker, L. H., Ohana, R., Cranmer, M., Bietti, A., Eickenberg, M., Golkar, S., Krawezik, G., Lanusse, F., Pettee, M., Tesileanu, T., Cho, K., & Ho, S. (2024). Multiple Physics Pretraining for Physical Surrogate Models. 1–25 http://arxiv.org/abs/2310.02994 Serrano, L., Wang, T., le Naour, E., Vittaut, J.-N., & Gallinari, P. (2024). AROMA : Preserving Spatial Structure for Latent PDE Modeling with Local Neural Fields. NeurIPS. Serrano, L., Kassai, A., Wang, T., Erbacher P., Gallinari, P., (2025) Zebra: In-Context Generative Pretraining for Solving Parametric PDEs. Zhou, A., Li, Z., Schneier, M., Buchanan Jr, J. R., & Farimani, A. B. (2025). TEXT2PDE: Latent Diffusion Models for Accessible Physics Simulation. ICLR.
En savoir plus :https://pages.isir.upmc.fr/gallinari/open-positions/
2025-05-01-PhD-Description-Generative-models-Physics.pdf
Contact :patrick.gallinari@sorbonne-universite.fr
Ingénieur(e) Data Analyste en pharmacoépidémiologie
Publiée le 19/05/2025 09:45.
CDD, 270 boulevard de Sainte Marguerite, 13009 Marseille.
Entreprise/Organisme :Assistance Publique – Hôpitaux de Marseille
Niveau d'études :Master
Date de début :Dès que possible
Durée du contrat :1 an renouvelable
Rémunération :https://www.emploi-collectivites.fr/grille-indiciaire-hospitaliere-ingenieur-hospitalier-ih/4/101.ht
Description :Grade et contrat Ingénieur hospitalier (rémunération selon expérience conformément à la grille correspondante) CDD 1 an renouvelable CA et RTT Poste à pourvoir dès que possible Site et service Assistance Publique – Hôpitaux de Marseille Hôpital Sainte Marguerite 270 boulevard de Sainte Marguerite, 13009 Marseille Service de pharmacologie clinique et pharmacovigilance (cheffe de service : Pr Joëlle Micallef) Unité de pharmacoépidémiologie Organisation du temps de travail et horaires • Poste de jour : Oui • Poste à repos fixe : Oui • Poste à temps plein : Oui • Possibilité d’évolution du poste : Oui • Amplitude horaire du service : 8 h 30 – 19 h 00 • Horaires du poste : 9 h 00 – 17 h 00 avec pause déjeuner, du lundi au vendredi, hors samedi, dimanche et jours fériés Missions générales de l’emploi Le poste à pourvoir est un poste d’ingénieur avec une compétence de Data Analyste pour des projets de pharmacoépidémiologie. Ces projets portent sur l’évaluation de l’utilisation, du mésusage et des risques des médicaments psychoactifs, à partir du Système national des données de santé (SNDS). Ces projets sont coordonnés par le Service Hospitalo-Universitaire de Pharmacologie Clinique et Pharmacosurveillance de l’Assistance Publique – Hôpitaux de Marseille qui a une expérience de plus de 20 ans pour la recherche et la conduite d’études en pharmacoépidémiologie. La personne recrutée sera en charge du traitement des données du SNDS, en lien direct avec les porteurs du projet. La personne suivra les formations règlementaires pour accéder au portail sécurisé du SNDS (REQ-054-AM, REQ-256-AM et REQ-254-AM ; cf ci-dessous), afin de réaliser le data management et les analyses statistiques. Activités principales • Constituer les jeux de données exploitables à partir de données brutes extraites du SNDS, en fonction des analyses prévues dans le protocole • Construire les variables nécessaires à l’analyse à partir des informations contenues dans les différentes tables d’intérêt et en vérifier la cohérence • Effectuer les analyses statistiques prévues dans le protocole, vérifier les conditions d’applications et proposer des alternatives • Diffuser et valoriser des résultats sous forme de rapports techniques ou d’articles • Veiller à la reproductibilité et à la documentation des traitements réalisés Formation et expérience requises • Master ou doctorat en pharmacoépidémiologie, épidémiologie, statistiques, bio-informatique ou santé publique • Expérience appréciée dans l’utilisation des données du SNDS à des fins de recherche, en particulier dans le domaine de la pharmacoépidémiologie Qualités requises • Travailler en équipe et interagir avec différents interlocuteurs (pharmacologues, pharmacoépidémiologistes, médecins, pharmaciens, partenaires scientifiques) • Capacité à apprendre et s’adapter (langages informatiques, méthodes statistiques et de pharmacoépidémiologie) • Sens de l’organisation et de la planification • Autonomie • Raisonnement analytique • Curiosité intellectuelle Connaissances souhaitées ou engagement à les acquérir • Formations « Architecture et données du SNIIRAM/SNDS » (REQ-054-AM, 1 jour, e-learning), « Données d’extraction DCIR pour les accès sur projet » (REQ-256-AM, 2,5 jours, Paris) et « Initiation au PMSI à travers le SNDS » (REQ-254-AM, 3 jours, Paris) pour accéder au SNDS • Traiter des données, manipuler et requêter une base de données volumineuse • Programmer dans un environnement informatique contraint (portail sécurisé du SNDS) • Langages informatiques SQL (Oracle) et R (RStudio), éventuellement SAS (Entreprise Guide) • Statistiques multivariées, analyse de données censurées (modèle de Cox, variables dépendantes du temps), analyse de séries chronologiques (ARIMA) • Connaissance du SNDS • Connaissance en pharmacoépidémiologie ou en épidémiologie • Lecture de l'anglais scientifique et technique Modalités de candidature CV et lettre de motivation à thomas.soeiro@ap-hm.fr et joelle.micallef@ap-hm.fr
En savoir plus :https://fr.ap-hm.fr/service/pharmacologie-clinique-et-pharmacosurveillance-hopital-sainte-marguerite
Ingénieur(e) Data Analyste pour un projet de pharmacoépidémiologie 20250516.pdf
Contact :thomas.soeiro@ap-hm.fr
Clustering de données fonctionnelles avec application en océanographie
Publiée le 01/10/2024 09:26.
Référence : Clustering de données fonctionnelles avec application en océanographie.
Thèse, Conservatoire National des Arts et Métiers, 2 rue Conté 75003 Paris.
Entreprise/Organisme :Conservatoire National des Arts et Métiers, Laboratoire CEDRIC
Niveau d'études :Master
Sujet :Classification non-supervisée pour l'identification de paysages acoustiques homogènes
Date de début :Entre fin 2024 et début 2025 en fonction de la date de recrutement du candidat
Durée du contrat :3 ans
Secteur d'activité :recherche
Description :Voir pièce jointe
En savoir plus :https://vincentaudigier.weebly.com/uploads/1/7/3/1/17317324/these_cnam_shom_clustering.pdf
these_cnam_shom_clustering.pdf
Contact :vincent.audigier@cnam.fr

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