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Modélisation spatiale et temporelle de l’abondance des tiques
Publiée le 15/10/2025 17:01.
Stage, Champs-sur-Marne.
Entreprise/Organisme :Université Gustave Eiffel - Laboratoires LISIS et LAMA
Niveau d'études :Master
Date de début :Entre février et avril 2026
Durée du contrat :6 mois
Rémunération :Gratification de stage
Secteur d'activité :Statistiques appliquées à l'écologie
Description :Contexte de l’étude Ce stage s’inscrit dans le cadre du projet interdisciplinaire SOTIQUE (2024-2025), dont l’objectif est de modéliser de manière fine le risque de piqûre de tique en milieu périurbain. Cette modélisation repose sur l’abondance des tiques, les caractéristiques spatiales du territoire, ainsi que les usages des riverain.es. Le projet est porté par un consortium de chercheur.es issu.es de différentes disciplines, en partenariat avec le gestionnaire public de Marne & Gondoire (77). Il prend place dans un contexte de changement climatique, qui influence la dynamique des maladies vectorielles à travers l’évolution de la distribution spatiale des hôtes, des vecteurs et des écosystèmes (Aenishaenslin et al., 2017). Au printemps 2024 et 2025, des campagnes d’échantillonnage de tiques ont été menées sur trois sites de Marne & Gondoire (les parcs de Rentilly et des Cèdres, ainsi que l’étang de la Loy). En parallèle, une étude géomatique a permis de cartographier le territoire et d’analyser les flux de fréquentation, tandis qu’une enquête sociologique a été menée sur les connaissances et les pratiques des usagers de ces espaces. Des analyses biologiques sont également en cours pour détecter la présence de pathogènes dans les tiques prélevées. L’objectif du stage est de proposer une amélioration des protocoles d’échantillonnage afin de mieux estimer l’abondance des tiques. La littérature actuelle présente deux limites majeures : d’une part un manque de formalisme mathématique pour analyser les méthodes d’échantillonnage existantes, ce qui d’autre part empêche d’en proposer des améliorations rigoureuses. Dans ce contexte, nous proposons de développer un cadre d’analyse basé sur la théorie des processus ponctuels (Baddeley, 2007), en particulier à travers la modélisation de l’abondance des tiques par des processus de Neyman–Scott (ou processus de cluster). Attendus du stage Le travail de stage s’articulera autour de deux axes, modulables en fonction des compétences et des intérêts de la personne recrutée : • i) Développer un modèle statistique adapté à l’étude des méthodes d’échantillonnage existantes, ainsi que des outils d’inférence associés. L’étude théorique et/ou empirique de ces modèles devra garantir leur solidité mathématique ainsi que leur interprétabilité, condition essentielle pour une application concrète. • ii) Modéliser les données collectées en 2024 et 2025 grâce aux méthodes proposées, afin d’établir une cartographie de l’abondance des tiques. Cette modélisation prendra en compte les caractéristiques météorologiques et géographiques du territoire. Des échanges réguliers avec les autres volets du projet (géomatique, sociologie, biologie) sont attendus afin de favoriser une approche intégrée et collaborative.
En savoir plus :https://hal.inrae.fr/hal-04790332v1
offre-de-stage-M2-LISIS---LAMA_2025.pdf
Contact :felix.cheysson@univ-eiffel.fr
Etude de la fertilité chimique des sols agricoles de France métropolitaine par analyse multivariée
Publiée le 15/10/2025 15:39.
Stage, Rennes ou Orléans.
Entreprise/Organisme :INRAE
Niveau d'études :Master
Description :Contexte La base de données d’analyses de terre (bdat.gissol.fr) est un programme national financé par le Groupement d’Intérêt Scientifique Sol. Cette base regroupe les résultats des analyses de terre réalisées à la demande des agriculteurs pour gérer la fertilité des sols cultivés. A l’heure actuelle, la base comporte plus de 40 millions de résultats d’analyses de terre effectuées sur des échantillons issus de parcelles agricoles distribuées sur l’ensemble du territoire hexagonal sur la période 1990- 2020. Ainsi ces données représentent une source d’information très riche pour la caractérisation de la variabilité spatio-temporelle de propriétés du sol à l'échelle nationale (voir par exemple Saby et al. 2016). Ces analyses agronomiques sont datées et géoréférencées à la commune d’origine du prélèvement, ce qui rend leur géolocalisation assez peu précise. Cependant, elles sont nombreuses (plusieurs millions) et renseignent sur plus de 10 paramètres agronomiques, à savoir le statut organique, la granulométrie, le statut acido-basique et le statut cationique. La fertilité chimique est une composante majeure de la qualité des sols notamment vis-à-vis de leur usage pour la production agricole. Sa caractérisation et l’étude de son évolution est donc un enjeu majeur pour les scientifiques et acteurs du monde agricole. Objectif Les travaux réalisés jusqu’à présent ont principalement mobilisé des analyses univariées, limitant la compréhension intégrée des relations entre propriétés du sol. Une approche multivariée permet au contraire de mettre en évidence des variables latentes telles que la fertilité chimique, et de caractériser leurs structures spatiales ainsi que et leurs corrélations avec les variables physico- chimiques. En intégrant la dimension spatiale, cette approche contribuera à la caractérisation de configurations régionales des sols en termes de signatures agronomiques. L’objectif principal du stage est de produire de nouveaux résultats sur la fertilité des sols de France sur la base des données de la BDAT en explorant les méthodes prenant en compte explicitement les dimensions spatiale et temporelle. Dans un second temps, les résultats de l’analyse multivariée seront croisés avec des covariables décrivant les sols et les pratiques agricoles de France. L’étudiant sera en lien avec des experts en pédologie et en agronomie pour élaborer collectivement une interprétation des résultats obtenus. Le résultat final attendu est une caractérisation et une analyse des déterminants de la fertilité des sols agricoles de France. La démarche envisagée comporte plusieurs étapes :  Préparation des jeux de données : synthèse des informations sur les sols et des variables environnementales disponibles (relief, occupation du sol…) et imputation des données manquantes  Comparaison d’approches multivariées dans un contexte d’évolution spatio-temporel afin de : 1. Mettre en évidence les structures spatiales caractérisant la fertilité chimique des sols de France 2. Etudier l’évolution de la fertilité chimique des sols 3. Expliquer cette distribution spatio-temporelle par des covariables agronomiques et pédologiques.
En savoir plus :https://www.gissol.fr/
2026_stageM2_BDAT.pdf
Contact :nicolas.saby@inrae.fr
Stage de M2: Suivi de la dynamique de teneur en eau dans un sol forestier par géophysique
Publiée le 13/10/2025 15:59.
Stage, Laboratoire METIS - Campus Pierre et Marie Curie - 4 place Jussieu, Paris.
Entreprise/Organisme :Sorbonne Université
Niveau d'études :Master
Date de début :De début février à début mars 2026
Durée du contrat :5-6 mois
Rémunération :669.9 euros / mois
Secteur d'activité :Recherche publique
Description :Le stage de Master 2 proposé porte sur la géophysique appliquée au suivi de l'état hydrique des sols forestiers. Ce stage s'adresse à des étudiant.e.s de niveau Master 2 ou équivalent dans le domaine des géosciences, de l'écophysiologie ou de la pédologie. Il inclus plusieurs composantes: * Campagnes de mesure de terrain de tomographie de résistivité électrique (ERT) et de cartographie de conductivité électrique apparente par induction électromagnétique (EMI) * Filtrage et inversion des données ERT et EMI * Etablissement de relations pétrophysiques résistivité-teneur en eau en laboratoire * Evaluation de la dynamique de teneur en eau des sols forestiers par combinaison des résultats d'imagerie géophysique et des relations pétrophysiques. Le stage s'appuiera sur un jeu de données déjà acquis et il s'effectuera dans le cadre du projet ANR Taw-Tree. La/le stagiaire bénéficiera de nombreuses interactions avec des spécialistes de la géophysique environnementale, de l'écophysiologie et de la pédologie.
En savoir plus :https://www.metis.upmc.fr/fr
Offre_stage_M2_2026_Geophysique_Forestiere.pdf
Contact :quentin.chaffaut@sorbonne-universite.fr
M2 biostatistics internship: Statistical analysis of the local structure of flexible RNA molecules
Publiée le 13/10/2025 09:13.
Stage, Rennes.
Entreprise/Organisme :ENSAI-CREST and LAAS-CNRS
Niveau d'études :Master
Sujet :Statistical analysis of the local structure of flexible RNA molecules
Date de début :février / mars 2026
Durée du contrat :6 mois
Description :The internship is part of an interdisciplinary project combining mathematical statistics, data analysis and structural biology. It will be co-supervised by Javier González-Delgado (ENSAI-CREST) and Juan Cortés (LAAS-CNRS). The project is part of an ongoing collaboration with Loı̈c Salmon (CRMN-CNRS) and Isaure Chauvot de Beauchene (LORIA-CNRS).
En savoir plus :https://gonzalez-delgado.github.io/RNA_stage.pdf
RNA_stage.pdf
Contact :javier.gonzalez-delgado@ensai.fr
Physics-Informed Machine Learning
Publiée le 13/10/2025 09:13.
Stage, Lyon, Campus Portes des Alpes (Bron).
Entreprise/Organisme :Université Lyon 2, laboratoire ERIC
Niveau d'études :Master
Date de début :01/03/2026
Durée du contrat :6 mois
Description :Stage recherche sur les PIML en collaboration avec IFPEN
En savoir plus :https://eric.msh-lse.fr/wp-content/uploads/2025/09/Stage-2026-Lyon-ERIC-IFPEN.pdf
Stage-2026-Lyon-ERIC-IFPEN.pdf
Contact :julien.jacques@univ-lyon2.fr
M2 internship : Scientific Competitions in AI: Measuring and Understanding Participant Engagement
Publiée le 09/10/2025 09:09.
Référence : M2 internship.
Stage, Grenoble.
Entreprise/Organisme :UGA
Niveau d'études :Master
Date de début :février / mars 2026
Durée du contrat :6 mois
Description :This internship is part of the MIAI SCALER Chair (Scientific Competitions for Advancing Learning and Enhancing Research in Life Sciences), an interdisciplinary project combining education sciences, statistics, and life sciences. The internship may lead to PhD funding.
En savoir plus :https://miai-cluster.univ-grenoble-alpes.fr/research/chairs/scaler-scientific-competitions-for-advan
SCALER_internship.pdf
Contact :emilie.devijver@univ-grenoble-alpes.fr
Evaluation of a Bayesian Meta-model of tumour kinetics and survival
Publiée le 22/09/2025 18:57.
Référence : Master2 Internship - INSERM UMR1137 IAME - Bichat Hospital (Paris).
Stage, 16 rue Henri Huchard 75018 Paris.
Entreprise/Organisme :INSERM UMR 1137 IAME
Niveau d'études :Master
Date de début :January - April 2026
Durée du contrat :6 months
Description :Tumour Growth Inhibitor-Overall Survival (TGI-OS) joint models are used to precisely characterize the association between tumour kinetics during treatment and risk of death in cancer patients. Previous results suggest a good ability of joint modelling to predict outcome of a new trial by combining information of i) historical data in a similar population (e.g. phase 2 trial to predict phase 3), and ii) early tumour follow-up from the ongoing trial. Additional work needs to be done to assess its ability to predict the outcome of a new trial in different populations (e.g. new combination of treatment, primary tumour location or different disease severity). This first requires quantifying the impact of different sources of between-studies variability in tumour growth, treatment effect and association with risk of death. Recently, our team has worked on developing a Bayesian TGI-OS meta-model, incorporating three levels of variability, namely i) lesion ii) patient and iii) study levels. This hierarchical model structure combined with nonlinear description of tumour kinetics induces challenging inference that needs to be empirically validated. In this internship, you will conduct a simulation study to validate the ability of HMC-NUTS algorithm (Stan software) to accurately estimate the various parameters of the Bayesian TGI-OS meta-model, under different scenarios. You will join team MOCLID (MOCLID | IAME - UMR 1137 IAME INSERM) based in the school of medicine of Bichat hospital (Paris 75018). Supervision: Assil Merlaud, Dr Marion Kerioui, Dr Julie Bertrand (MOCLID | IAME)
En savoir plus :https://www.iame-research.center/
250922_internship_final.pdf
Contact :marion.kerioui@mrc-bsu.cam.ac.uk
Biostatisticien-ne en recherche clinique
Publiée le 22/09/2025 10:15.
CDI, CHU de Saint Etienne.
Entreprise/Organisme :CHU de Saint Etienne
Niveau d'études :Master
Secteur d'activité :Recherche clinique
Description :Le(a) statisticien(ne) aura en charge les activités de statistiques liées aux projets de recherche clinique et épidémiologique du CHU de Saint-Étienne. Ses principales activités sont les suivantes : ▪ Vérifier la conformité du cahier d’observation (CRF) avec le protocole et le valider ; ▪ Générer les listes de randomisation ; ▪ Rédiger le plan d’analyse statistique en conformité avec le protocole de l’étude ▪ Organiser et participer aux blind review ; ▪ Programmer et réaliser les analyses statistiques des études promues par le CHU de Saint-Etienne selon le plan d’analyse statistique
En savoir plus :https://www.chu-st-etienne.fr
Profil de poste Biostatisticien - Appui à la stratégie, montage et méthodologie.pdf
Contact :edouard.ollier@univ-st-etienne.fr
Poste de Professeur, Risques systémiques globaux et soutenabilité socio-environnementale
Publiée le 15/09/2025 09:37.
CDI, Grenoble.
Entreprise/Organisme :Université Grenoble Alpes
Niveau d'études :Doctorat
Date de début :Rentrée universitaire 2026/27
Description :Poste de Professeur en 2026, profil “Modélisation pour l’analyse des risques systémiques globaux et de la soutenabilité socio-environnementale” [intitulé provisoire], à l’Université Grenoble Alpes, au Laboratoire Jean Kuntzmann. L'équipe STEEP (Grenoble, Inria + LJK, https://team.inria.fr/steep/fr/) est l'équipe d’accueil pressentie. Si ce poste et la perspective de travailler dans notre équipe vous intéressent ou si vous souhaitez plus d’informations, nous vous invitons à prendre dès maintenant contact avec nous (peter.sturm@inria.fr). Et bien sûr, n’hésitez pas à diffuser et à faire circuler cette information dans vos réseaux, et à la transférer à toute personne susceptible d’être intéressée.
En savoir plus :team.inria.fr/steep/francais-poste-de-professeur-modelisation-pour-lanalyse-des-rsg-et-des-ast
Contact :peter.sturm@inria.fr
Stage M2 Maternal tobacco smoking and psychosocial stress in pregnancy and child respiratory health
Publiée le 10/09/2025 08:46.
Référence : StageM2 Impulsion Exposome Stress.
Stage, 38700 La Tronche (Grenoble).
Entreprise/Organisme :INSERM
Niveau d'études :Master
Sujet :Interactions between maternal tobacco smoking and psychosocial stress during pregnancy and child respiratory health: data analysis of the ELFE cohort study
Date de début :01/01/2026
Durée du contrat :6 months
Secteur d'activité :Recherche
Description :Background Prenatal exposure to maternal smoking is a major determinant of child respiratory health. Increasing evidence indicates that maternal psychosocial stress during pregnancy also impacts child respiratory health [1-5]. As these exposures may affect similar biological pathways, they potentially have synergistic effects. However, studies investigating the interaction between maternal smoking and psychosocial stress during pregnancy on child respiratory health are lacking. In a recent (unpublished yet) study conducted in a large project (Exposome Impulsion Project ; https://exposomeinserm.fr), we assessed the effects of the interactions of maternal tobacco smoking and psychosocial stress during pregnancy on the development of child wheezing and asthma in 13,510 mother-child pairs from the ELFE cohort (Etude française longitudinale depuis l’enfance) [6; https://www.elfe-france.fr] by using survival Cox models. Preliminary results support a complex moderating role of cumulative prenatal maternal psychosocial stress in the relationship between maternal smoking and child respiratory health. Aims of the internship To further explore these associations, we propose to investigate biological markers - maternal hair cortisol measured at child birth and cord blood cytokines - measured in subsamples of respectively 834 and 1019 ELFE mothers. Maternal cortisol has been shown to be a good proxy for chronic maternal stress [7]. Inflammation, assessed by cord blood inflammatory biomarkers (IL-6, IL-8, IL-1b…), is suspected to be an underlying mechanism of the association between maternal psychosocial stress and smoking and child respiratory health [1]. The aims of this internship are to: 1/ Estimate the associations between the psychosocial stress indicators we developed based on the questionnaire data and levels of maternal hair cortisol 2/ Study the effect of the interaction between maternal hair cortisol and tobacco smoking during pregnancy on child respiratory health using Cox regression models 3/ Estimate the associations of maternal psychosocial stress and maternal tobacco smoking with cord blood cytokines levels. All data are already available. The results will be interpreted jointly with results from experimental models (animal studies) that are performed in parallel. References [1] Al‐Hussainy, A., & Mohammed, R. (2021). Consequences of maternal psychological stress during pregnancy for the risk of asthma in the offspring. Scandinavian Journal of Immunology, 93(1), e12919. [2] Adgent, M. A., Buth, E., Noroña-Zhou, A., Szpiro, A. A., Loftus, C. T., Moore, P. E., ... & Carroll, K. N. (2024). Maternal stressful life events during pregnancy and childhood asthma and wheeze. Annals of Allergy, Asthma & Immunology, 132(5), 594-601. [3] Brew, B. K., Gong, T., Ohlin, E., Hedman, A. M., Larsson, H., Curman, P., ... & Almqvist, C. (2024). Maternal mental health disorders and offspring asthma and allergic diseases: The role of child mental health. Pediatric Allergy and Immunology, 35(2), e14085. [4] Magnus, M. C., Wright, R. J., Røysamb, E., Parr, C. L., Karlstad, Ø., Page, C. M., ... & Nystad, W. (2018). Association of maternal psychosocial stress with increased risk of asthma development in offspring. American journal of epidemiology, 187(6), 1199-1209. [5] Ramsey, N. B., Chiu, Y. H. M., Hsu, H. H. L., Bosquet Enlow, M., Coull, B. A., Wright, R. J., & Carroll, K. N. (2024). Cumulative maternal lifetime stress & child asthma: effect modification by BMI. Stress, 27(1), 2435262. [6] Charles, M. A., Thierry, X., Lanoe, J. L., Bois, C., Dufourg, M. N., Popa, R., ... & Geay, B. (2020). Cohort profile: the French national cohort of children (ELFE): birth to 5 years. International journal of epidemiology, 49(2), 368-369j. [7] Kim, M. Y., Kim, G. U., & Son, H. K. (2020). Hair cortisol concentrations as a biological marker of maternal prenatal stress: a systematic review. International Journal of Environmental Research and Public Health, 17(11), 4002.
En savoir plus :https://exposomeinserm.fr/
Impulsion_Exposome_Internship2026_01092025_vf.pdf
Contact :aurelie.nakamura@univ-grenoble-alpes.fr
PhD Position: Deep Generative Models of Physical Dynamics
Publiée le 11/06/2025 17:44.
Référence : PhD Position Deep Generative Models of Physical Dynamics, Sorbonne Université, Paris,.
Thèse, Paris.
Entreprise/Organisme :Sorbonne Universite, Institut des Systèmes Intelligents et de Robotique (ISIR)
Niveau d'études :Master
Sujet :Abstract: AI4Science is an emerging field investigating the potential of AI to advance scientific discovery, with deep learning playing a central role in modeling complex natural phenomena. Within this context, deep generative modeling—which already enables the synthesis of high-dimensional data across modalities such as text, images, and audio—is now opening new avenues for simulating and understanding complex physical systems. This PhD project aims to explore and advance generative deep learning architectures—such as diffusion models, flow-matching networks, and autoregressive transformers—for modeling complex physical dynamical systems arising in domains such as climate, biology, and fluid mechanics. These models hold strong potential for learning flexible, data-driven representations of physical laws. By developing generalizable, cross-physics generative models, this research contributes to the broader vision of AI4Science: accelerating scientific discovery through learned simulation and abstraction.
Date de début :November or December 2025
Durée du contrat :36 mois
Rémunération :2200 per Month Gross Salary + possible teaching vacations
Secteur d'activité :Computer Science, Artificial Intelligence, Machine Learning
Description :This PhD project aims to explore and advance generative deep learning architectures—such as diffusion models, flow-matching networks, and autoregressive transformers—for modeling complex physical dynamical systems arising in domains such as climate, biology, and fluid mechanics. These models hold strong potential for learning flexible, data-driven representations of physical laws. By developing generalizable, cross-physics generative models, this research contributes to the broader vision of AI4Science: accelerating scientific discovery through learned simulation and abstraction. Research Objectives The overarching research question is: Can we develop generative models that learn structured, physically grounded representations of dynamical systems—enabling synthesis, adaptation, and generalization across physical regimes and multiphysics settings? It unfolds into several complementary directions: Latent Generative Models for Physical Dynamics The objective is to design generative models—such as diffusion, flow-matching, or autoregressive models—that learn compact and interpretable latent representations of spatiotemporal dynamics governed by PDEs. These models should: • Capture uncertainty and multimodality in solution trajectories. • Generalize across parametric variations. Learning Across Multiphysics Systems To enable transfer learning across heterogeneous physics, we will explore shared latent representations across families of PDEs: • Using encode–process–decode frameworks. • Applying contrastive or multitask training to uncover reusable physical abstractions. • Designing models invariant to space/time resolution and units. This direction builds toward foundation-like models that capture generalizable physics priors across simulation families. Few-Shot and In-Context Generalization to New Physics To support scientific modeling in data-scarce settings, we will develop methods for few-shot generalization such as: • Fine-tuning latent priors to new PDE systems using limited examples. • Exploring meta-learning and prompt-based adaptation techniques (inspired by in-context learning in language models). • Incorporating known physical constraints into the generative process. The goal is to enable rapid and physically consistent adaptation to previously unseen dynamics with minimal data and supervision. Position and Working Environment The PhD studentship is a three years position starting in October/November 2025. It does not include teaching obligation, but it is possible to engage if desired. The PhD candidate will work at Sorbonne Université (S.U.), in the center of Paris. He/She will integrate the MLIA team (Machine Learning and Deep Learning for Information Access) at ISIR (Institut des Systèmes Intelligents et de Robotique). References Chen, W., Song, J., Ren, P., Subramanian, S., Morozov, D., & Mahoney, M. W. (2024). Data-Efficient Operator Learning via Unsupervised Pretraining and In-Context Learning. 1–21. http://arxiv.org/abs/2402.15734 Hao, Z., Su, C., Liu, S., Berner, J., Ying, C., Su, H., Anandkumar, A., Song, J., & Zhu, J. (2024). DPOT: Auto-Regressive Denoising Operator Transformer for Large-Scale PDE Pre-Training. Icml. http://arxiv.org/abs/2403.03542 Kassai Koupai, A., Benet, J. M., Yin, Y., Vittaut, J.-N., & Gallinari, P. (2024). GEPS: Boosting Generalization in Parametric PDE Neural Solvers through Adaptive Conditioning. NeurIPS. https://geps-project.github.io/ Kirchmeyer, M., Yin, Y., Donà, J., Baskiotis, N., Rakotomamonjy, A., & Gallinari, P. (2022). Generalizing to New Physical Systems via Context-Informed Dynamics Model. ICML. McCabe, M., Blancard, B. R.-S., Parker, L. H., Ohana, R., Cranmer, M., Bietti, A., Eickenberg, M., Golkar, S., Krawezik, G., Lanusse, F., Pettee, M., Tesileanu, T., Cho, K., & Ho, S. (2024). Multiple Physics Pretraining for Physical Surrogate Models. 1–25 http://arxiv.org/abs/2310.02994 Serrano, L., Wang, T., le Naour, E., Vittaut, J.-N., & Gallinari, P. (2024). AROMA : Preserving Spatial Structure for Latent PDE Modeling with Local Neural Fields. NeurIPS. Serrano, L., Kassai, A., Wang, T., Erbacher P., Gallinari, P., (2025) Zebra: In-Context Generative Pretraining for Solving Parametric PDEs. Zhou, A., Li, Z., Schneier, M., Buchanan Jr, J. R., & Farimani, A. B. (2025). TEXT2PDE: Latent Diffusion Models for Accessible Physics Simulation. ICLR.
En savoir plus :https://pages.isir.upmc.fr/gallinari/open-positions/
2025-05-01-PhD-Description-Generative-models-Physics.pdf
Contact :patrick.gallinari@sorbonne-universite.fr

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